中國(guó)水產(chǎn)科學(xué)研究院最早的研究所成立于1947年，之后陸續(xù)按照海區(qū)、流域和專業(yè)布局建立了其他研究所。1978年，經(jīng)國(guó)務(wù)院批準(zhǔn)正式建院。伴隨著改革開放和漁業(yè)大發(fā)展，我院綜合實(shí)力不斷增強(qiáng)，目前已發(fā)展成為學(xué)科齊全、布局合理、在國(guó)內(nèi)外具有廣泛影響力的國(guó)家級(jí)水產(chǎn)科學(xué)研究機(jī)構(gòu)，成為我國(guó)漁業(yè)科技的國(guó)家隊(duì)和主力軍，共設(shè)有漁業(yè)資源保護(hù)與利用研究、漁業(yè)生態(tài)環(huán)境研究、水產(chǎn)生物技術(shù)研究、水產(chǎn)遺傳育種研究、水產(chǎn)病害防治研究、水產(chǎn)養(yǎng)殖研究、水產(chǎn)加工與產(chǎn)物資源利用研究、水產(chǎn)品質(zhì)量與安全研究、漁業(yè)裝備與工程研究、漁業(yè)信息與經(jīng)濟(jì)研究等10個(gè)學(xué)科領(lǐng)域。全院現(xiàn)有3個(gè)海區(qū)所、4個(gè)流域所、2個(gè)專業(yè)所、4個(gè)增殖站以及院機(jī)關(guān)共14家法人單位。

目前，全院擁有中國(guó)工程院院士2名，“國(guó)家高層次人才特殊支持計(jì)劃”、“百千萬人才工程”國(guó)家級(jí)人選、“創(chuàng)新人才推進(jìn)計(jì)劃”等高層次專家95人，現(xiàn)代農(nóng)業(yè)產(chǎn)業(yè)技術(shù)體系首席科學(xué)家4人，崗位科學(xué)家68人，設(shè)有院級(jí)科技創(chuàng)新團(tuán)隊(duì)97個(gè)。全院共有各類科技平臺(tái)近160個(gè)，包括：國(guó)家聯(lián)合實(shí)驗(yàn)室、OIE參考實(shí)驗(yàn)室等國(guó)家級(jí)平臺(tái)9個(gè)，部重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、臺(tái)站等省部級(jí)平臺(tái)75個(gè)，院實(shí)驗(yàn)室、工程中心等院級(jí)平臺(tái)28個(gè)，國(guó)家級(jí)種質(zhì)庫1座、大中型調(diào)查船8艘、試驗(yàn)基地38個(gè)。占地總面積7400畝。